La Junta del Alarde es el organismo que trabaja durante el año, siguiendo las competencias que le marcan las Ordenanzas del Alarde de San Marcial. Se encargan de todo lo relacionado con el Alarde hasta que la Junta de Mandos toma las riendas de la organización en fechas más próximas a las fiestas. El artículo 42º define las competencias de la Junta de Mandos entre las que se encuentran la aprobación de todos los Reglamentos de Régimen Interno de las Compañías y Unidades para su posterior ratificación por parte de la Junta de Mandos, y la elaboración, revisión e interpretación de las Ordenanzas del Alarde de San Marcial.

Esta Junta está compuesta, tal y como marca el artículo 43º de las Ordenanzas, por todos los ex-Generales, el General y Comandante del último año, cuatro Capitanes y dos soldados de infantería, un Jefe de Unidad y un soldado de las Unidades de Participación Restringida, un miembro de Irungo Betiko Alardearen Aldekoak y una cantinera.

La Junta del Alarde está compuesta actualmente por:

GENERAL	Satur Ibargoyen
COMANDANTE	Javier Mitxelena
EX-GENERAL	José Antonio Apalategui /Presidente
EX-GENERAL	Javier Vergara
EX-GENERAL	Beñardo Urtizberea
CAPITAN DE INFANTERÍA	Fernando Ribera /Secretario
CAPITAN DE INFANTERÍA	Jose Miguel Munduate
CAPITAN DE INFANTERÍA	Luis Mª Elorz
CAPITAN DE INFANTERÍA	Florentino Gil
JEFE DE UU.P.R.	Edmundo García
SOLDADO DE INFANTERÍA	Luis María Alustiza
SOLDADO DE INFANTERÍA	Anselmo Múgica
SOLDADO DE UU.P.R.	Fermín Olazabal
I.B.A.A.	Jon Soques
CANTINERA	Amaia Márquez